Утверждение, что органическая пища безопаснее из-за меньшего содержания остатков пестицидов, также вызывает подозрения в глазах большинства медицинских работников. Клиника Майо утверждает: «Некоторые люди покупают органическую пищу, чтобы ограничить свое воздействие остатков [пестицидов]. Однако большинство экспертов сходятся во мнении, что количество пестицидов, обнаруженное во фруктах и овощах, представляет очень небольшой риск для здоровья». Остатки пестицидов в пище могут быть серьезной проблемой во многих развивающихся странах, где распыление пестицидов плохо регулируется и где фрукты и овощи часто продаются немытыми, прямо с грядки. Однако в развитых индустриальных странах, таких как США, такой риск встречается редко. В 2003 году Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов проанализировало Конкретная база данных по отраслям несколько тысяч образцов отечественных и импортных продуктов питания на рынке США и обнаружило, что только 0,4% отечественных образцов и только 0,5% импортных образцов имели обнаруживаемые остатки химических веществ, превышающие нормативные уровни допуска.
Организация Объединенных Наций через Продовольственную и сельскохозяйственную организацию (ФАО) и Всемирную организацию здравоохранения (ВОЗ) установила уровни приемлемого суточного потребления (ДСП) для каждого отдельного пестицида. Уровень ДСП консервативно установлен на уровне 1/100 от уровня воздействия, который все еще не вызывает токсичности у лабораторных животных. Более того, фактические уровни остатков в Соединенных Штатах в обычных продуктах питания значительно ниже уровня ДСП. Например, когда FDA исследовало самые высокие уровни воздействия 38 химических веществ в рационе различных подгрупп населения, оно обнаружило, что для 4 из этих 38 химических веществ предполагаемое воздействие составляло менее 5 процентов от уровня ДСП. Для остальных 34 химических веществ предполагаемое воздействие было еще ниже и составляло менее 1 процента от уровня ДСП. Карл К. Винтер и Сара Ф. Дэвис, ученые-пищевики из Калифорнийского университета в Дэвисе и Института пищевых технологий , на основании этих данных делают вывод: «Предельные выгоды от снижения воздействия пестицидов на человека в рационе за счет увеличения потребления органических продуктов, по-видимому, незначительны».
Действительно, обычные продукты иногда небезопасны для употребления, но органически выращенные продукты также могут быть опасны. В 2006 году упакованный свежий шпинат с калифорнийской фермы, находящейся в последний год перехода на органическую сертификацию, стал источником инфекции кишечной палочки в США, в результате которой погибло по меньшей мере три человека и сотни получили заболевания. В 2009 году было зафиксировано девять смертельных случаев отравления сальмонеллой, вызванной арахисовым маслом и молотым арахисом, происхождение которых связано с арахисовыми плантациями в Техасе и Джорджии, которые имели органическую сертификацию.